在太一一行人告别数码世界后，数码世界并没有就此关闭朝向人类的大门，而数码世界的内部却没有太平多少时日，就又开始了纷争。
数码世界急需一批被选中的孩子来维护数码世界和人类世界的和平。太一、阿和、素娜等人都已先后成为了初中生，没有太多精力和时间能够和数码宝贝们一起并肩作战，只有阿武和小光成为了新一代的领头人。被选中的孩子有本宫大辅（木内玲子 配音）、井之上京（夏树莉绪 配音）、火田伊织（夏树惠 配音）等人，和他们一同战斗的除了亚古兽、加布兽等，还有新的数码宝贝参与。于是，在第一代数码人的带领下，新的数码宝贝和守护者们开始了同邪恶势力的作战……
游佐浩二 诹访部顺一 东山奈央 落合弘治 大原沙耶香 羽多野涉 钉宫理惠 中村悠一 谷山纪章 平野绫 白石凉子 户松遥 野上尤加奈 楠大典 森巧治 小松史法 坪井智浩 里卓哉 小山刚志 金光宣明 箭内仁 峰畅也
竹达彩奈 阿澄佳奈 井口裕香 仪武祐子 茅野爱衣 寿美菜子 东山奈央 内田彩 飯塚麻結 葉月絵理乃 大原沙耶香 福井裕佳梨 宫本佳那子 广桥凉 间岛淳司 古川登志夫 平野文 绿川光 中田让治
铃村健一 森川智之 樱井孝宏 伊藤步 诹访部顺一 藤原启治 楠大典 浪川大辅 丰口惠美 青木麻由子 佐藤银平 大塚芳忠 奥田启人 伊丸冈笃 桐井大介 宝龟克寿 野泽那智 藤冈弘